Transaksi dengan QRIS juga lebih aman karena penjual dan pembeli dapat terhindar dari kecurangan, penipuan, atau peredaran uang palsu. Setiap transaksi QRIS pasti menggunakan PIN ataupun kode yang membutuhkan persetujuan pengguna terlebih dahulu. Riwayat transaksi yang otomatis tercatat secara digital juga memudahkan verifikasi pembayaran sehingga pelaku usaha tidak perlu khawatir terhadap keamanan dan pencatatan transaksi.