Stasiun Jakarta Gudang ada di kawasan Kampung Bandan Jakarta Utara.
Lintas perjalanan kereta api Motis terbagi tiga.
Jalur utara meliputi antara lain Stasiun Cilegon, Jakarta Gudang, Cirebon Prujakan hingga Semarang Tawang.
Jalur tengah meliputi antara lain Stasiun Jakarta Gudang, Cirebon, Purwokerto sampai dengan Kutoarjo.
Jalur Selatan meliputi antara lain Stasiun Jakarta Gudang, Kiaracondong, Kroya, Kebumen, Lempuyangan, Purwosari hingga Madiun.