Jalur Utara meliputi antara lain Stasiun Cilegon, Jakarta Gudang, Cirebon Prujakan hingga Semarang Tawang.
Jalur Tengah meliputi antara lain Stasiun Jakarta Gudang, Cirebon, Purwokerto sampai dengan Kutoarjo.
Jalur Selatan meliputi antara lain Stasiun Jakarta Gudang, Kiaracondong, Kroya, Kebumen, Lempuyangan, Purwosari hingga Madiun.