Baca Juga: Walaupun Sangat Menghormati Sundar Pichai, Satya Nadella Yakin Microsoft Bisa Mengalahkan Google
Terlepas dari kisah pembangunannya, Stasiun Manggarai mempunyai nilai historis yang tinggi. Stasiun ini merupakan stasiun awal keberangkatan pemindahan ibukota sementara ke Yogyakrta pada 4 Januari 1946. Segala persiapan rahasia untuk perjalanan Presiden dan Wakil Presiden pun dilakukan di stasiun ini.
Selain itu kisah persiapan perjalanan rahasia Soekarno-Hatta, Panglima Besar Jenderal Soedirman juga pernah singgah di Stasiun Manggarai untuk menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta.
Berkat nilai historisnya, stasiun ini telah ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya yang terdaftar di Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata dengan nomor registrasi RNCB.19990112.04.000470 berdasarkan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: PM.13/PW.007/MKP/05, Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 011/M/1999 dan Surat Keputusan Gubernur DKI Jakarta No. 475 Tahun 1993.